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前列腺里长结石的原因并不十分清楚。一种观点认为前列腺结石是围绕一个有机物核心，象滚雪球一样逐渐增大的。有机物核心经常是血块、细菌、坏死组织或一种叫“淀粉样体”的物质。淀粉样体是由脂肪、核蛋白、晶体嘌呤、胆固醇等包绕脱落的上皮而形成的一个小的圆形或椭圆形的放射状结构的物体。重庆曙光男科医院医生说，前列腺结石应该同其他疾病相鉴别。
在一些情况下，前列腺结石可穿破前列腺部尿道的粘膜，进入尿道，应与尿道结石相鉴别,前列腺结石应与前列腺结核相鉴别。一般前列腺结核多见于青年人，可影响一侧或双侧前列腺，常同时有精囊、附睾结核。而前列腺结石好发于40岁以上，一般无明显症状。
单个较大结石应与前列腺癌相鉴别。前列腺癌往往有多个大小不等的结节，质地坚硬。可通过血清前列腺特异抗原、酸性磷酸酶测定以及X线摄片、经会阴或直肠前列腺针吸活检术加以区别。
散在的结石应与慢性前列腺炎相鉴别。但二者也可同时存在，通过直肠指诊加前列腺液检查可以明确诊断。
尿液流经尿道时，可从前列腺管口反流到远端的前列腺管，尿中的钙盐结晶可逐层沉积于有机物核心上，逐渐增大，形成结石。另一种观点认为结石的形成是由于前列腺腺泡和排泄管发生了慢性炎症，使腺泡扩张，前列腺管狭窄，尿液返流后一些盐类沉积在正常前列腺腺体组织上，形成前列腺结石。还有一种观点认为前列腺的增生使前列腺管内压力增加，腺管内分泌液郁滞，盐类成分在前列腺周围受压的皮质或外科包膜上沉积，因此形成前列腺结石。
前列腺结石是指原发性或内源性的，在前列腺腺泡和腺管内形成的真性结石。这种结石可小如粟米，大如豌豆，可呈圆形或椭圆形，也可呈多面形，数目可以是一个，也可能是几百个，一般呈棕黄色、暗棕色或黑色，小结石常较光滑，大结石或多发结石可占据整个腺腔，质地坚硬。这种结石多含有机成分，如蛋白质、胆固醇、柠檬酸等，与尿道结石不同，不能混淆。
