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慢性睾丸炎多由非特异性急性睾丸炎治疗不好所致。也可因霉菌、螺旋体、寄生虫感染造成，例如睾丸梅毒，既往有睾丸外伤者，可发生肉芽肿性睾丸炎。睾丸局部或全身放射性同位素磷照射，也可发生睾丸炎症，破坏睾丸组织。 病理上看睾丸肿大或硬化萎缩，生精小管的基底膜呈玻璃样变及退行性变，生精上皮细胞消失。生精小管周围可能有硬化，也可形成小的增生灶。
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