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1、包茎：是一种常见的先天性不良，发生率约占4%～7%。包皮皮肤过长而紧缩，不能翻转。严重时仅留一小孔，影响排尿。在阴茎勃起时阴茎头不能暴露，至成年后可以影响性交，引起性交时疼痛。
2、阴茎缺如：阴茎缺如又称无阴茎症，极罕见、其发生原因是胚胎期生殖结节发育不全所致。
3、阴茎阴囊后异位：这种畸形也极罕见，由于胚胎期生殖结节发育错位所致。阴茎位于两侧阴囊之后，两侧阴囊内容物位于其前，阴囊内容物容易引起损伤，发育不良也会妨碍性交。
4、隐匿型阴茎：其特点是包茎、阴茎周围皮下脂肪很厚，阴茎皮肤发育不良，阴茎海绵体及尿道海绵体发育欠佳，阴茎体不能进入阴茎皮肤及包皮腔内，被埋没于包皮及耻骨区皮下脂肪组织内，成年后常不能性交。
5、小阴茎：进入青春期后，男性的小阴茎呈儿童型，又称阴茎发育不全或称宦官症。病因是妊娠第3个月时胚胎的雄激素缺乏，或促性腺激素低下，或外生殖器对雄性激素不敏感所致。小阴茎常为其他先天性畸形中的一种体征，如两性畸形、垂体功能减退、双侧隐睾及睾丸发育不良等。
6、大阴茎：与同龄的病人相比，阴茎过大者称为大阴茎。大阴茎多发生在青春期早熟、先天性痴呆、侏儒症、垂体功能亢进及肾上腺皮质功能亢进等患者。
7、蹼状阴茎：是指阴茎皮肤均依附于阴囊而使阴茎不能勃起，患者常合并两性畸形和会阴型尿道下裂。
8、双阴茎：双阴茎是由于胚胎期阴茎始基发育不全或不融合所引起。临床上常将双阴茎分为两类：
一是分裂阴茎。其特征是阴茎作纵形分裂，可以在阴茎头部分裂或分裂成分叉的双阴茎，尿道开口一般在两阴茎的中间;
另一类是真正双阴茎，每个阴茎各有自己的阴囊。尿道和膀胱，双阴茎的排列，可以是一前一后，亦可以是一左一右，甚至移位至其他部位。双阴茎除形态不良外，可无其他自觉症状，但有排尿和性交障碍。
