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目前，已有少数采用经尿道前列腺切除术、前列腺被膜切开术、前列腺精囊全切术等手术方式治疗慢性前列腺炎的报道，疗效不一。但多数人的意见仍是不推荐采用手术治疗，除非前列腺炎伴有下尿路梗阻时可以选用以解除梗阻为目的的手术治疗，理由如下。
第一，Ⅱ型前列腺炎(即慢性细菌性前列腺炎)发病于前列腺的外周带，而最常用的经尿道前列腺切除术很难彻底切除外周带的炎性病灶。此外，外科手术属于有创性疗法，存在手术意外及手术并发症的风险。
第二，前列腺炎是良性疾病，不会影响全身健康;目前有很多对症治疗方法，严格采用规范化治疗多数会取得疗效，改善症状。
第三，前列腺炎不是单一的疾病，而是一组临床症候群，故亦称为前列腺炎综合征。尤其Ⅲ型前列腺炎(即慢性无菌性前列腺炎或称慢性盆腔疼痛综合征)，病因尚不清楚，但已肯定并非细菌感染所致，亦非仅限于前列腺自身，很可能与前列腺内尿液反流( IPUR)、盆底肌肉痉挛、神经性炎症、免疫性异常，甚至前列腺周围的组织器官的炎症、患者的精神心理状态等因素有关。毫无疑问，病因不明确时，手术失败的可能性极大。
